本校於民國101年與行政院衛生署（現衛生福利部）合作，承接行政院科學技術發展基金補助之「健康資料加值應用模式研究計畫」。由湯明哲教授擔任計畫主持人，政府配合此計畫在臺大規劃及建置「行政院衛生署健康資料加值應用協作中心」（現更名為「衛生福利部衛生福利資料科學中心）之分中心，提供獨立分析空間，透過虛擬專有網路與衛福部連線可遠端分析衛生福利資料。
本校為了與該分中心發展長遠研究夥伴關係，特成立功能性校級研究中心「國立臺灣大學健康資料研究中心」(以下簡稱「臺大研究中心」)，主要核心業務為推動健康資料研究、提供健康資料分析協作及諮詢服務，並協助衛生福利部管理「衛生福利部衛生福利資料科學中心臺灣大學分中心」(以下簡稱「衛福部分中心」)。兩中心皆於102年1月開始運作至今。